ウォーターサーバーは常に水がありますから、安心して使うためには内部衛生管理が気になるところです。 多くのサーバーは、内部の衛生を保つために、UV（紫外線）除菌や、内部の水路を自動的に洗浄する「自動クリーニング機能」といった機能を搭載しています。 UV除菌は、内部に存在する細菌やウイルスの増殖を防ぐため、サーバー内の衛生状態を保ちます。 サーバー内部に使われている部品や水の通り道には抗菌素材が使われています。 また、フィルターを搭載するなど、外部からの不純物をシャットアウトします。 メーカーによって異なりますが、定期的なメンテナンスサービスを提供しているところは少なくありません。 専門の技術者がサーバー内部を清掃・点検してくれることもあります。